十多年前一只拥有巨大威力的妖兽“九尾妖狐”袭击了木叶忍者村，当时的第四代火影拼尽全力，以自己的生命为代价将“九尾妖狐”封印在了刚出生的鸣人身上。木叶村终于恢复了平静，但村民们却把鸣人当成像“九尾妖狐”那样的怪物看待，所有人都疏远他。鸣人自小就孤苦无依，一晃十多年过去了，少年鸣人考入了木叶村的忍者学校，结识了好朋友佐助和小樱。佐助是宇智波家族的传人之一，当他还是小孩的时候他的哥哥——一个已经拥有高超忍术的忍者将他们家族的人都杀死了，然后投靠了一直想将木叶村毁灭的大蛇丸，佐助自小就发誓要超越哥哥，为家族报仇。

大正时代，灶门炭治郎继承亡父留下的炭业工作，支撑一家七口，在山上过着朴实的生活。某日他做完生意返家后发现全家遭鬼王鬼舞辻无惨屠杀，而妹妹祢豆子变成了鬼。鬼杀队富冈义勇见状后本欲斩杀祢豆子，但他在见识到兄妹俩的亲情后，推荐炭治郎拜鳞泷左近次为师。炭治郎经过两年训练，学会对抗鬼的呼吸法与剑术，通过考验加入鬼杀队。炭治郎完成首次任务斩杀沼泽鬼后，又接到任务前往浅草，途中他闻到当年家人被杀害时的残留气味，炭治郎终于和最初的鬼——鬼舞辻无惨——首次接触，令炭治郎震惊无惨竟伪装人类组成家庭。在那之后炭治郎结识与无

江户时代末期（本作的 20 年前）, 被称为“天人（あまんと）”的谜之异星人来袭。于是地球人与天人之间的战争瞬即爆发，为数众多的武士和攘夷派志士都参与与天人的战斗，幕府见识到天人强大的实力后，最终向天人低头，放弃武士不管，擅自与天人签订不平等条约，准许他们入国。其后更颁布了“废刀令”，夺走了武士的刀，使他们无力反抗。自此，天人横行霸道，幕府为天人所影响，甚至被控制，成为了“傀儡政权”。在这样的时代，有一个武士与同伴愉快地过著异想天开的生活。

据说这间边境公会里，有个只靠讨伐哥布林升上了银等级（位列第三位）的罕见存在……一名女神官成为冒险者后，首次加入团队，就在冒险中陷入了危机。而拯救了她的，正是这名被称为“哥布林杀手”的男子。他不择手段，不辞劳苦，只致力于扫荡哥布林。 在他身边，有着饱受折腾的女神官、自己非常感激的柜台小姐，等待着他青梅竹马的牧牛少女。一名森人（妖精）少女听闻他的事迹，也前来委托任务——。

奥村磷自幼被神父藤本狮郎收养，某一日，磷发现了自己其实是撒旦之子的秘密，之后养父的惨死让磷下定居心走上了驱魔师的道路。磷所存在的世界被分为“物质界”和“虚无界”两大空间，人类生存于物质界，在虚无界中，则徘徊着凶残暴戾的魔鬼。 身边接连发生的伤害事件让磷逐渐发现，某些虚无界的恶魔，趁虚而入潜入了人类世界。为了伸张正义保护同类，磷果断的担负起了驱魔的职责。在弟弟奥村雪男（福山润 配音）的帮助下，磷不断的向着真相前进，此时的磷也发现，造成这一切混乱的元凶，可能就藏在他们的身边。