故事讲述忍者 Kamui为了逃避自己的血腥过往，脱离忍者组织，隐姓埋名地生活着。然而由于他背叛了忍者古老的信条，一天夜晚，他的家人被前组织的暗杀者残忍杀害。为了给亲人复仇，Kamui重新化身为从前的自己。然而，二十一世纪的忍者是一个时代错误，因为他们要以残酷而古老的技巧对抗高科技武器。Kamui要面对训练有素的刺客、战斗机器人以及其它强大的忍者，来推翻他的前组织。

因历代祖先的形象，以及父亲的滥情行径，而长年坚持独身主义的大学生赤神明光，因一场意外邂逅少女苍叶结月，并对她一见钟情。茶饭不思的明光为祛除杂念，决定休学出家，不料前往的寺庙正是结月居住的尼姑庵。