在第一季的结尾，小队成员“准星”因理念不同与小队分离，在第二季中，卡米诺事件已经过去了几个月，在银河共和国垮台后，新成立的银河帝国也开始了残暴的统治。99号克隆人部队（异等小队）在“猎人”的带领下将继续为自由而战，他们与曾经的战友“准星”重聚，在危险的征途上遇到新的朋友和敌人，他们要在变幻莫测的星系中奋力寻求谋生之路，同时帕尔帕廷皇帝、伍基人绝地冈吉等角色均有出现。

讲述了“残次品”的精英和实验性克隆人在克隆人战争刚结束时，在迅速变化的银河系中寻找自己的方向。“残次品”成员是一支独特的克隆人队伍，他们在基因上与克隆人军队中的兄弟不同，每个人都拥有一种独特的特殊技能，使他们成为特殊的士兵和可怕的船员。