高中生侦探工藤新一与毛利兰在游乐园游玩时发现两个行动诡异的黑衣男子，便跟踪他们，不料被灌下一种叫「APTX4869」的神秘毒药，然而因为药物副作用，新一的身体竟回到孩童状态。为不使周围的人受到牵连，他化名为「江户川柯南」，寄住在毛利兰家中，用阿笠博士发明的手表型麻醉枪让毛利小五郎睡着，接着用蝴蝶结变声器模仿他的声音来进行推理，解决了许多案件，并一直寻找着黑衣组织的人的下落，希望有朝一日将其绳之以法，并变回原来的样子。

邪恶的奈落与犬夜叉一行的战争愈演愈烈，为了保护心脏不受伤害，他在白灵山分离出一个能洞察人类心灵的婴儿，并将心脏托其保管。在此之后，婴儿被某高僧砍作两半，变成白童子和赤子。当得知奈落心脏的重要性时，这两个同样邪恶的童子决定反客为主。赤子利用魍魉丸不断加固体外的甲胄，白童子和神乐则在与犬夜叉战斗的同时暗中与奈落展开对抗。老奸巨滑的奈落利用犬夜叉等人之手除掉白童子，并杀害神乐。犬夜叉、钢牙、杀生丸为了除掉奈落也不断提高各自的战斗力，双方的抗争终于接近高潮，宿命中的正邪决战在所难免……

战国时代，大妖怪斗牙王与人类公主十六夜的儿子——半妖犬夜叉，因为自己半妖的身份受到人类与妖怪的排斥，为了成为真正的妖怪而想得到四魂之玉；而巫女桔梗为了保护和净化四魂之玉，运用灵力不断与前来抢夺四魂之玉的妖怪战斗。命运的红线牵引的两人虽然在开始互为敌对，但两人却也因四魂之玉结缘，桔梗发现了犬夜叉粗鲁外表下的善良，以及与自己同样的孤独；而犬夜叉也看到了桔梗在孤高的外表下其实也有颗孤单的、渴望被爱的心。 在不断的相互了解中，两人最终相爱了，并约定利用四魂之玉的力量，让犬夜叉成为人类，而守护使命结束的桔梗也可以

主人公小杰从小在鲸鱼岛长大，与米特阿姨和阿婆相依为伴。性格开朗的他，有着能与动物沟通的灵性。因为无父无母，小杰将米特阿姨当成自己的生母爱着。直到9岁那一年，小杰在森林里被一位青年男子搭救。从他口中小杰得知自己的父亲还活着而且职业是猎人。在说服米特阿姨之后，小杰独自踏上了寻父的征程。然而世界那么大，在茫茫人海中找到父亲谈何容易？于是，小杰决定成为猎人，从这里开始找寻他父亲的踪迹。靠这样一种信念开始了冒险旅途，并在旅途当中结交好友，不断成长，从而引发了后面的所有故事，引出全职猎人的精彩世界。