以发现妈妈莱莎的白笛为契机，莉可、雷古和娜娜奇三个人向着波多尔多所等待的深界第五层前进继续冒险。在那里，他们遇到了波多尔多所养育长大不谙世事并自称是普鲁修卡的女孩。她为莉可的冒险故事所吸引，想要跟着他们一起去冒险，然而却悲惨地被波多尔多的实验所利用。最终普鲁修卡改变了形态，成为了莉可的白笛，一行人继续朝着深界第六层"来无回之都"前进。在那里，生骸(余烬)拥有自己独自的价值观生活着，并存在着生骸(余烬)之村…

在艾伦他们居住的帕拉迪岛之外，还存在一个其他人类居住的世界。当中一个国家「玛雷」与其他各国爆发战争。陷入苦战之际，他们决定要攻进帕拉迪岛，把「始祖的巨人」抢过来。在这里又看到另一群孩子们拼命求生存的身影……

「有一种巨人无论生在什么时代，都只会为了自由而不断前进，为了自由而不断战斗，它的名字是——“进击的巨人”」关于墙外的真实和巨人的真面目，逐渐地被揭露了出来。为了实现这个目标，人类付出了巨大的牺牲，在他们的不断前进下，他们终于可以看到自由的象征，墙外世界才能看得见的海。时光流逝，离第一次「超大型巨人」的袭击过去了6年后，调查兵团跑出玛利亚之墙外进行着调查「以前我一直相信，墙的外面有海，海的那边有自由...」墙内的人类，第一次面朝大海。但真的和梦想一样，那广阔的地平线的那边真的有自由吗？艾伦·耶格尔的故事，即