邪恶组织――侵略一切，毁灭一切。 这个残忍而狡猾的组织，其智囊正是王的心腹，邪恶参谋。 面对地面遭受侵略的危机，奋起迎战的是不幸的魔法少女・白夜。 与她对峙的邪恶参谋・米拉竟对她一见钟情…… 魔法少女与邪恶为敌，已然成为过去。 相爱（不）相杀的二人，究竟未来会如何――？

舞台是大正日本。卖木炭的心地善良的少年炭治郎的日常生活因家人被魔鬼杀害而彻底改变。为了帮助唯一幸存下来的却变成凶恶鬼的妹妹隅豆子恢复如初，炭治郎踏上了为讨伐杀害家人的鬼的旅途……

主角炭治郎在经过与上弦之陆的一场大战后，便在蝴蝶屋疗养了一段时间，在听说钢铁冢不再为自己打造新刀后，他决定前往刀匠村一探究竟并再次拜托钢铁冢为自己铸刀，然而在刀匠村里炭治郎遇见了恋柱·甘露寺蜜璃和霞柱·时透无一郎以及不死川玄弥等人。另一方面无惨对于上弦出现空缺的问题感到相当震怒，加上「蓝色彼岸花」的搜寻进度不如预期，因此他指派了上弦之肆·半天狗和上弦之伍·玉壶前往某地执行任务……

江户时代末期（本作的 20 年前）, 被称为“天人（あまんと）”的谜之异星人来袭。于是地球人与天人之间的战争瞬即爆发，为数众多的武士和攘夷派志士都参与与天人的战斗，幕府见识到天人强大的实力后，最终向天人低头，放弃武士不管，擅自与天人签订不平等条约，准许他们入国。其后更颁布了“废刀令”，夺走了武士的刀，使他们无力反抗。自此，天人横行霸道，幕府为天人所影响，甚至被控制，成为了“傀儡政权”。在这样的时代，有一个武士与同伴愉快地过著异想天开的生活。