精灵宝可梦，简称宝可梦，这颗星球上非常非常不可思议的生物，在天空、大海、森林、街道之中到处都能看到它们的身影。持有不可思议吊坠的来自帕底亚的少女——莉可。持有神秘精灵球的来自关都的少年——罗伊。以广阔的宝可梦世界为舞台，莉可和罗伊的新冒险开始了！等待两人的相遇，还有命运是——！？这是一个通过冒险“找到”重要的东西的故事。

以发现妈妈莱莎的白笛为契机，莉可、雷古和娜娜奇三个人向着波多尔多所等待的深界第五层前进继续冒险。在那里，他们遇到了波多尔多所养育长大不谙世事并自称是普鲁修卡的女孩。她为莉可的冒险故事所吸引，想要跟着他们一起去冒险，然而却悲惨地被波多尔多的实验所利用。最终普鲁修卡改变了形态，成为了莉可的白笛，一行人继续朝着深界第六层"来无回之都"前进。在那里，生骸(余烬)拥有自己独自的价值观生活着，并存在着生骸(余烬)之村…

在远离大都会的小山村，住着巫女世家出身的高中女孩宫水三叶（上白石萌音 配音）。校园和家庭的原因本就让她充满烦恼，而近一段时间发生的奇怪事件，又让三叶摸不清头脑。不知从何时起，三叶在梦中就会变成一个住在东京的高中男孩。那里有陌生的同学和朋友，有亲切的前辈和繁华的街道，一切都是如此诱人而真实。另一方面，住在东京的高中男孩立花泷（神木隆之介 配音）则总在梦里来到陌生的小山村，以女孩子的身份过着全新的生活。许是受那颗神秘彗星的影响，泷和三叶在梦中交换了身份。他们以他者的角度体验着对方的人生，这期间有愤怒、有欢笑也

主人公小杰从小在鲸鱼岛长大，与米特阿姨和阿婆相依为伴。性格开朗的他，有着能与动物沟通的灵性。因为无父无母，小杰将米特阿姨当成自己的生母爱着。直到9岁那一年，小杰在森林里被一位青年男子搭救。从他口中小杰得知自己的父亲还活着而且职业是猎人。在说服米特阿姨之后，小杰独自踏上了寻父的征程。然而世界那么大，在茫茫人海中找到父亲谈何容易？于是，小杰决定成为猎人，从这里开始找寻他父亲的踪迹。靠这样一种信念开始了冒险旅途，并在旅途当中结交好友，不断成长，从而引发了后面的所有故事，引出全职猎人的精彩世界。