这个各角落都被探索殆尽的世界，只剩唯一仅存的秘境——大洞穴“阿比斯”。在这个会延伸到哪里不得而知，且深不见底的巨大纵向洞穴中，除了栖息着各种奇奇怪怪的生物之外，还藏有现今人类制作不出来的珍贵遗物。“阿比斯”处处不可思议的景象，让人们为之着迷，并前仆后继地前去冒险。于是，数度挑战这巨洞的冒险家们，后来便被称为“探窟家”。住在建造于阿比斯边缘的城镇“奥斯”的孤儿莉可，梦想着有一天要成为像母亲那样的伟大探窟家，力图解开阿比斯的谜团。有一天，莉可母亲的白笛被人发现，让她毅然决定要潜入阿比斯深处。而莉可收留的失忆机

以发现妈妈莱莎的白笛为契机，莉可、雷古和娜娜奇三个人向着波多尔多所等待的深界第五层前进继续冒险。在那里，他们遇到了波多尔多所养育长大不谙世事并自称是普鲁修卡的女孩。她为莉可的冒险故事所吸引，想要跟着他们一起去冒险，然而却悲惨地被波多尔多的实验所利用。最终普鲁修卡改变了形态，成为了莉可的白笛，一行人继续朝着深界第六层"来无回之都"前进。在那里，生骸(余烬)拥有自己独自的价值观生活着，并存在着生骸(余烬)之村…

深夜，挥舞巨大钢筋袭击人类的亡灵“钢人七濑”。是单纯的都市传说，还是真正的亡灵？给予妖魔鬼怪们智慧的巫女——岩永琴子，与之正面抗衡。为了消灭由人类想象力创造的恐怖妖怪，为了对抗虚构，琴子设下了由虚构组成的重重机关。空前绝后的推理能否成功？