十多年前一只拥有巨大威力的妖兽“九尾妖狐”袭击了木叶忍者村，当时的第四代火影拼尽全力，以自己的生命为代价将“九尾妖狐”封印在了刚出生的鸣人身上。木叶村终于恢复了平静，但村民们却把鸣人当成像“九尾妖狐”那样的怪物看待，所有人都疏远他。鸣人自小就孤苦无依，一晃十多年过去了，少年鸣人考入了木叶村的忍者学校，结识了好朋友佐助和小樱。佐助是宇智波家族的传人之一，当他还是小孩的时候他的哥哥——一个已经拥有高超忍术的忍者将他们家族的人都杀死了，然后投靠了一直想将木叶村毁灭的大蛇丸，佐助自小就发誓要超越哥哥，为家族报仇。

故事的主角黑崎一护是个看似暴力、单薄，实质上善良、勇敢、爱护家庭的少年，并且拥有能看见灵的体质。家里有一个开诊所的老爸和两个性格正常的妹妹夏梨和游子，一护每天七点必须按时回家,否则老爸便会使用“身体语言教训”的家规。吵闹的父子，懂事的妹妹以及与其他普通人并无大异的普通生活，直到女死神朽木露琪亚被他一脚踢到墙角并满脸惊疑地望着他问“你能看见我？”时漫画的序幕才这样被正式地揭开。 从此黑崎一护身边所有的事物都产生了翻天覆地的变化。